Theo Quyết định của Tòa án nhân dân Thành phố Hà Nội được Công ty cổ phần Sông Đà 909 (mã chứng khoán S99) gửi tới Sở giao dịch chứng khoán Hà Nội, Tòa sẽ đưa ra xét xử vụ án hành chính liên quan đến việc S99 khiếu kiện Cục thuế Thành phố Hà Nội. Phiên sơ thẩm sẽ được xét xử công khai vào 8h30 phút ngày 13/1/2014.

Nội dung khởi kiện là Sông Đà 909 kiện Quyết định 10498/QĐ-CT-KTNB ngày 11/4/2013 của Cục thuế thành phố Hà Nội về việc giải quyết khiếu nại lần thứ nhất của Sông Đà 909.

Cuối năm 2010, Cục thuế Hà Nội ra quyết định không chấp nhận điều kiện ưu đãi giảm 50% số thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) phải nộp năm 2009 cho S99 do niêm yết chứng khoán lần đầu trong giai đoạn 2004-2006. Vì vậy, S99 phải nộp 3,12 tỷ đồng, trong đó 2,77 tỷ đồng là tiền truy thu thuế TNDN và 354 triệu đồng là xử phạt hành chính.

Không thống nhất với xử lý của Cục thuế Hà Nội, Sông Đà 909 đã có công văn khiếu nại cho rằng Công ty thuộc đối tượng được giảm 50% thuế TNDN. Ngay trong cả trường hợp không được hưởng ưu đãi thuế TNDN, Sông Đà 909 cho rằng đây là thay đổi của Tổng cục Thuế sau khi doanh nghiệp đã kê khai, nên không thể xử phạt hành chính về hành vi khai sai.

Sau khi nhận được khiếu nại của S99, Cục thuế Hà Nội đã tiến hành xác minh giải quyết khiếu nại và ra quyết định giảm số tiền truy thu thuế và phạt xuống còn 1,94 tỷ đồng. Quyết định 10498 của Cục thuế Hà Nội cũng nêu rõ "Trong thời hạn 30 ngày, kể từ ngày nhận quyết định này, nếu không đồng ý với việc giải quyết khiến nại của Cục thuế Hà Nội, Sông Đà 909 có quyền khiếu nại đến Tổng Cục Thuế hoặc khởi kiện vụ án hành chính tại Tòa án".

Thời gian gần đây, liên tiếp nhiều doanh nghiệp bị truy thu thuế và phạt hành chính hàng chục, thậm chí hàng trăm tỷ đồng liên quan tới việc ưu đãi thuế TNDN cho doanh nghiệp niêm yết chứng khoán lần đầu giai đoạn 2004 -2006. Đây cũng là vấn đề nóng được nhiều doanh nghiệp đưa ra trong buổi đối thoại giữa doanh nghiệp và lãnh đạo cục Thuế TPHCM hồi giữa tháng 12/2013.

Theo Công văn 11924 của Bộ Tài chính ban hành năm 2004 thì các tổ chức niêm yết lần đầu được giảm 50% số thuế TNDN phải nộp trong 2 năm kể từ khi niêm yết. Nếu đang trong thời gian được miễn thuế TNDN theo luật Thuế TNDN thì thời gian hưởng ưu đãi do niêm yết lần đầu được tính kể từ khi kết thúc thời gian miễn thuế TNDN.

Đến tháng 9/2006, Bộ Tài chính ban hành Công văn 10997 bãi bỏ ưu đãi giảm 50% thuế TNDN đối với công ty niêm yết lần đầu. Năm 2008, Bộ Tài chính lại tái khôi phục việc giảm 50% thuế TNDN cho công ty niêm yết lần đầu.

Ngày 14/1/2010, Tổng cục Thuế ban hành công văn cho phép doanh nghiệp được hưởng cả 2 ưu đãi thuế nói trên cho các công ty niêm yết lần đầu giai đoạn 2004 - 2006. Tuy nhiên, ngày 19/8/2011, Tổng cục Thuế ra Công văn 2924 quy định nếu đến năm 2008, doanh nghiệp vẫn chưa kê khai hưởng ưu đãi giảm 50% số thuế TNDN phải nộp do có chứng khoán niêm yết lần đầu thì từ năm 2009 sẽ không được hưởng ưu đãi giảm 50% số thuế này.

Trong số các doanh nghiệp bị truy thu thuế, đáng chú ý nhất là Nhựa Bình Minh với tổng truy thu và nộp phạt vi phạm thuế lên tới hơn 117 tỷ đồng. Ngoài ra, các doanh nghiệp công bố bị truy thu thuế còn bao gồm Công ty cổ phần Pin Ắc Quy Miền Nam (PAC) với hơn 33 tỷ đồng, Công ty cổ phần nước giải khát Chương Dương (SCD), Công ty cổ phần đầu tư hạ tầng kỹ thuật TPHCM (CII), Đường Biên Hòa (BHS)...

Nhiều doanh nghiệp đã có đơn khiếu kiện gửi tới Cục thuế, Tổng Cục thuế hay Bộ Tài chính. Tuy nhiên, liên quan tới việc truy thu thuế TNDN cho doanh nghiệp niêm yết chứng khoán lần đầu giai đoạn 2004-2006, đây là lần đầu tiên Tòa án thụ lý một đơn khởi kiện của doanh nghiệp.

Lam Thanh