Các sai sót tồn tại được Kiểm toán Nhà nước nhắc tới bao gồm cả việc thực hiện thăm dò khi chưa có giấy phép, thăm dò vượt chiều sâu cho phép; Thẩm định, phê duyệt đề án khi chưa được sự cho phép của cơ quan cấp phép thăm dò; các đề án thăm dò ở nước ngoài không thuộc phạm vi được chi từ nguồn Quỹ.

TKV cũng thực hiện chỉ định thầu cho các đơn vị vừa lập đề án, vừa thi công không đúng quy định; Thực hiện chỉ đạo, điều chỉnh hệ số đơn giá các đề án khoan thăm dò không đúng thẩm quyền.

Bên cạnh đó, ký kết phụ lục hợp đồng ngoài thời gian hiệu lực của hợp đồng gốc; chưa phân định rõ trách nhiệm của từng bên trong việc chậm tiến độ hợp đồng, không xử phạt chậm tiến độ do lỗi của đơn vị thi công; Quản lý và hạch toán chi phí thực hiện đầu tư vượt tổng mức đầu tư đã được phê duyệt tại Dự án Xử lý chống sạt lở mái ta luy đường nối Quốc lộ 18A và Mỏ than Ngã Hai tại Công ty Than Quang Hanh.

Việc quản lý và quyết toán Quỹ Thăm dò và Quỹ Môi trường tại TKV hàng năm còn nhiều sai sót, tồn tại như quyết toán sai đơn giá được ban hành, chi phí thẩm định, xét duyệt sai đối tượng được hưởng, các giá trị không đủ điều kiện quyết toán.

Trước đó, tại báo cáo kết quả kiểm toán chuyên đề việc quản lý, sử dụng Quỹ Thăm dò và Quỹ Môi trường than - khoáng sản giai đoạn 2010-2014 của Tập đoàn này cũng cho thấy, việc trích lập, quản lý, sử dụng tiền Quỹ Thăm dò và Quỹ Môi trường của TKV để xảy ra nhiều sai sót nghiêm trọng.

Theo báo cáo của Kiểm toán Nhà nước, TKV chưa xây dựng đầy đủ kế hoạch sử dụng Quỹ Thăm dò, Quỹ Môi trường trung và dài hạn; chưa mở tài khoản riêng tại ngân hàng thương mại để theo dõi, hạch toán các khoản lãi phát sinh và tăng nguồn các quỹ theo quy định; trích lập và sử dụng các quỹ chưa đúng quy định; công tác lập, thẩm định, phê duyệt dự án, thiết kế, dự toán của một số đề án, dự án đầu tư còn hạn chế.

Hầu hết các đề án khoan thăm dò không tổ chức lựa chọn nhà thầu theo quy định; tiến độ thực hiện nhiều đề án còn chậm; một số đề án triển khai khi chưa được cấp phép, vượt phạm vi, giới hạn của giấy phép; quyết toán vượt tổng mức đầu tư.

Cụ thể, TKV chỉ xây dựng kế hoạch bảo vệ môi trường trung và dài hạn từ tháng 6/2013. Trong khi đó, trích vượt Quỹ môi trường năm 2012 là 113,74 tỷ đồng; Sử dụng Quỹ để đầu tư cho các dự án, đề án không đúng quy định từ năm 2010-2014 là 238,68 tỷ đồng (Quỹ Thăm dò 191,06 tỷ đồng, Quỹ Môi trường 47,62 tỷ đồng).

TKV sử dụng Quỹ Thăm dò để đầu tư cho hoạt động khai thác khoáng sản ngoài than lớn hơn số trích lập 371,1 tỷ đồng. Trong đó, Tập đoàn này sử dụng Quỹ Thăm dò tới 529,4 tỷ đồng trên số được trích lập chỉ là 158,3 tỷ đồng.

TKV khảo sát, thiết kế không phù hợp điều kiện thực tế; Phê duyệt các đề án thăm dò không có khối lượng hoặc khối lượng khoan thăm dò lớn hơn quy định; phê duyệt đề án khi chưa được Tổng Cục Địa chất và khoáng sản Việt Nam - Bộ TN&MT thẩm định; phê duyệt dự án trước khi phê duyệt Báo cáo đánh giá tác động môi trường; Phê duyệt thiết kế bản vẽ thi công - dự toán trước khi phê duyệt dự án đầu tư; không thẩm tra, phê duyệt bản vẽ thi công.

Tại Công ty mẹ, các đề án thăm dò boxit chậm từ 2-3 năm; Hay như tại Công ty Than Uông Bí, gói thầu số 05 Dự án Đầu tư xây dựng tuyến đường ô tô từ cầu chui Vàng Danh đến trạm chuyển tải Khe Thần chậm 561 ngày; Tại TCT Khoáng sản, gói thầu xây dựng, thi công đập môi trường số 5 Xí nghiệp sắt Nà Lũng chậm 124 ngày; Công ty Than Khe Chàm cũng có hợp đồng chậm 54 ngày…

Nhiều đơn vị thành viên thuộc Tập đoàn triển khai dự án vượt phép, vượt phạm vi giới hạn của giấy phép. Điển hình như: Khoan vượt giấy phép tại 2 đề án của Công ty Than Hạ Long, 2 đề án của Công ty Than Uông Bí, 1 đề án của Công ty Than Dương Huy, 1 đề án của Công ty Than Mạo Khê…; Khoan thăm dò ngoài phạm vi được phép quản lý tại TCT Công nghiệp mỏ Việt Bắc.

Phương Dung